2001年，吕慧仪参加香港精英模特大赛，获得亚军以及最上镜奖。2004年，吕慧仪参加香港工展会举办的工展小姐竞选，当选“最具东方魅力工展小姐”。

2006年，吕慧仪参加香港小姐竞选，获得季军以及最迷人笑容大奖；同年成为无线电视台合约艺员。2007年，参演首部电视剧《同事三分亲》，饰演Darrie；同年与郑少秋、王贻兴共同主持无线电视台节目《谜》。

2008年4月16日，吕慧仪与陈茵媺、陈敏之等出席电视剧《原来爱上贼》的首映会。2009年5月19日，无线推出电视节目《谜》第二辑，吕慧仪与郑少秋搭档担任该节目的主持；8月14日，出席电影《Laughing Gor之变节》票房报捷答谢会；同年参演电视剧《绝代商骄》，饰演安老院院长Vivian。

2010年2月，与袁咏仪、黄宗泽、邓丽欣、曾志伟等演员出席“72家租客新春团拜大会”，一同为影片《72家租客》宣传；3月，出席电影《恶胎》首映礼；剧中吕慧仪饰演绿萍一角；同年参演电视剧《女王办公室》，饰演贪钱、贪名牌的秘书宋初敏。2011年在与詹瑞文 、庄思敏合演的电影《潮性办公室》中饰演Rachel一角；同年与郭晋安、陈法拉、陈敏之合演电视剧《东西宫略》，剧中吕慧仪饰演钟无慧一角。

2012年，吕慧仪和卓韵芝、蒙嘉慧合作主持无线电视台节目《三个女人一个墟》；同年与谢天华、周丽淇 、黄智雯合演电视剧《女警爱作战》，剧中吕慧仪饰演女警林朗宁。2013年，吕慧仪和薛家燕、林盛斌主持无线电视台节目《宠爱wakaka》；同年参演钟树佳执导的电影《2013我爱HK恭喜发财》，饰演甜心集团太子女。

2016年，参演TVB电视剧《一屋老友记》饰演刁蛮任性的大小姐余花。

2017年，参演TVB电视剧《爱回家之开心速递》饰演威龙百货公关部副经理熊若水。